El museo se divide en seis grandes áreas temáticas: El viaje inicia, Mi cuerpo, México vivo, Mi hogar y mi familia, Laboratorio de Ideas y Mi ciudad. Cada una cuenta con un espacio para los más pequeños (0 a 5 años de edad) donde se estimulan sus habilidades e inteligencias a través de exhibiciones creadas especialmente para ellos y de acuerdo a la temática de cada área. La Sala de Exhibiciones Temporales, la Megapantalla y el domodigital también forma parte de la oferta educativa del Museo.
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